1. ยุคจารีต (กรุงสุโขทัย กรุงศรีอยุธยา ต้นกรุงรัตนโกสินทร์)

                   ในสมัยโบราณ มีราชบัณฑิต และ หมื่นราชสังฆการี รับมอบหมายภารกิจด้านการศาสนา กระทั่งต้นกรุงรัตนโกสินทร์ มีหน่วยงานรับผิดชอบ 3 หน่วยงาน คือ กรมธรรมการ กรมสังฆการี และกรมราชบัณฑิต การดูแลวัดวาอารามถือเป็นส่วนหนึ่งของกรมธรรมการ และกรมสังฆการี ซึ่งทำหน้าที่ประสานงานระหว่างราชสำนักกับคณะสงฆ์ หลักฐานสำคัญปรากฏใน กฎพระสงฆ์ 10 ฉบับ (พ.ศ. 2325 - 2344) ในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช (รัชกาลที่ 1) ซึ่งกำหนดให้หน่วยงานนั้น ๆ มีส่วนร่วมในการสอดส่องดูแลความเรียบร้อยภายในอาราม และดูแลรักษาเขตพุทธาวาสให้เป็นระเบียบตามพระวินัย

2. ยุคการก่อตั้ง กระทรวงธรรมการ

                  เมื่อเข้าสู่สมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 5) งานด้านศาสนสถานเริ่มถูกจัดระเบียบภายใต้ “กระทรวงธรรมการ” โดยมี พระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 (พ.ศ. 2445) เป็นกฎหมายว่าด้วยคณะสงฆ์ซึ่งเป็นแม่บทที่วางรากฐานการบริหารจัดการที่วัด ที่ธรณีสงฆ์ และที่กัลปนาอย่างเป็นทางการ โดยกำหนดให้เจ้าหน้าที่รัฐ คือ นายอำเภอ และเสนาบดีกระทรวงธรรมการ เข้ามามีบทบาทร่วมกับเจ้าอาวาสและคณะสงฆ์ ในการดำเนินการเกี่ยวกับวัดวาอาราม ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นของการใช้ระเบียบแบบแผนของทางราชการเข้ามาดูแลวัดวาอาราม มีลำดับเหตุการณ์ที่สำคัญ ดังนี้

                   พ.ศ. 2432 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้รวมกรมที่เกี่ยวข้องกับการศาสนาและการศึกษา เข้าเป็นหน่วยงานเดียวกันในนาม “กรมธรรมการ”

                   พ.ศ. 2435 ได้มีการสถาปนา “กระทรวงธรรมการ” เพื่อทำหน้าที่ดูแลพระพุทธศาสนาและงานการศึกษาของชาติ

                   พ.ศ. 2445 ประกาศใช้ “พระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 ซึ่งมีบัญญัติให้พระสงฆ์ทุกระดับ มีหน้าที่บำรุงการศึกษาในวัด ในช่วงยุคนี้ ภารกิจด้านศาสนสถานเริ่มชัดเจนขึ้น ผ่าน พระราชบัญญัติลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ร.ศ. 121 (พ.ศ. 2445) ที่กำหนดอำนาจหน้าที่ของเสนาบดีกระทรวงธรรมการในการดูแลวัดวาอาราม ตัวอย่างเช่น บทบัญญัติหมวดที่ว่าด้วยวัด หมวดที่ว่าด้วยอำนาจ ล้วนกำหนดไว้อย่างชัดแจ้งว่า เป็นหน้าที่ของเจ้ากระทรวงธรรมการ และเจ้าพนักงานคณะผู้ปกครองท้องที่ จะช่วยอุดหนุนเจ้าคณะให้ได้กำลัง และอำนาจพอที่จะจัดการให้เป็นไปตามพระราชบัญญัตินี้

                   พ.ศ. 2459 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 6) ได้มีการปรับปรุงตำแหน่งหน้าที่ ในกระทรวงธรรมการให้เหมาะสมยิ่งขึ้น โดยแบ่งเป็นกรมใหญ่ 2 กรม คือ กรมธรรมการ และ กรมศึกษาธิการ ซึ่งใน 2 กรมดังกล่าวมีกรมเล็กในสังกัด คือ กรมสังฆการี “กรมพระอาราม” กองอธิกรณ์ สังกัด กรมธรรมการ และ กรมราชบัณฑิต กรมวิสามัญศึกษา กรมสามัญศึกษา สังกัด กรมศึกษาธิการ

                   พ.ศ. 2462 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 6) มีพระราชดำริให้ “แยกงานศาสนาออกจากงานการศึกษา” โดยย้ายกรมธรรมการกลับไปอยู่ในราชสำนัก ส่วนกระทรวงธรรมการ ให้เปลี่ยนชื่อเป็น “กระทรวงศึกษาธิการ”

                   พ.ศ. 2469 พระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 7) ทรงมีพระราชดำริว่า “การศึกษาไม่ควรแยกจากวัด” จึงทรงเปลี่ยนชื่อกระทรวงศึกษาธิการกลับเป็น “กระทรวงธรรมการ” อีกครั้ง และนำงานด้านศาสนามาไว้ในสังกัดกระทรวงธรรมการตามเดิม

3. ยุคก่อตั้ง กองพุทธศาสนสถาน สังกัด กรมการศาสนา

                  ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระปรเมนทรมหาอานันทมหิดล (รัชกาลที่ 8) มีการตราพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2484 เปลี่ยนชื่อกระทรวงธรรมการเป็น “กระทรวงศึกษาธิการ” และเปลี่ยนชื่อกรมธรรมการเป็น “กรมการศาสนา” ในช่วงนี้มีการก่อตั้งกองที่ดูแลงานวัดวาอารามโดยเฉพาะในชื่อ “กองพุทธศาสนสถาน”

4. ยุคโอน กองพุทธศาสนสถาน มาสังกัด สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ

                  ในสมัยพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร (รัชกาลที่ 9) ความเปลี่ยนแปลงครั้งสำคัญที่สุดเกิดขึ้นในปี พ.ศ. 2545 เมื่อมีการแยกภารกิจด้านพระพุทธศาสนาออกจากกรมการศาสนา (กรมการศาสนา ไปสังกัด กระทรวงวัฒนธรรม) และจัดตั้งเป็น สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ซึ่งเป็นหน่วยงานขึ้นตรงต่อนายกรัฐมนตรี โดย “กองพุทธศาสนสถาน” เป็นหนึ่งในหน่วยงานหนึ่งซึ่งได้ถูกโอนภารกิจมาสังกัดสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับงานวัดวาอารามในพระพุทธศาสนาทั่วประเทศ

5. ยุคปัจจุบัน กฎหมายกำหนด "ภารกิจ และอำนาจหน้าที่"

                  ครั้น พ.ศ. 2557 ได้มีการประกาศใช้ กฎกระทรวง แบ่งส่วนราชการสํานักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ พ.ศ. 2557 โดยที่ ข้อ 3 แห่งกฎกระทรวงฯ ได้กำหนดให้แบ่งส่วนราชการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เป็นราชการบริหารส่วนกลาง และราชการบริหารส่วนภูมิภาค หน่วยงาน กองพุทธศาสนสถาน ถูกจัดอยู่ใน การบริหารราชการส่วนกลาง ลำดับที่ 3 มีภารกิจและอำนาจหน้าที่ตาม ข้อ 9 แห่งกฎกระทรวงฯ ที่กำหนดให้ดำเนินการเกี่ยวกับวัดวาอาราม ดังนี้

                  1) ดําเนินการเกี่ยวกับการสร้าง การตั้ง การรวม การย้าย การยุบเลิก และการขอ เปลี่ยนแปลงชื่อวัด การขอรับพระราชทานวิสุงคามสีมา การยกวัดร้างให้เป็นวัดที่มีพระภิกษุอยู่จําพรรษา การขอพระราชทานยกวัดราษฎร์ขึ้นเป็นพระอารามหลวง และการจัดทําทะเบียนวัด

                  2) ส่งเสริมและพัฒนาวัดให้เป็นศูนย์กลางการเรียนรู้ แหล่งภูมิปัญญา และแหล่งท่องเที่ยว ของชุมชน

                  3) ดําเนินการเกี่ยวกับการออกแบบก่อสร้างอาคารศาสนสถาน และอาคารศาสนสมบัติ ทางพระพุทธศาสนาตามที่ได้รับมอบหมาย การบูรณปฏิสังขรณ์ และการจัดระเบียบของวัดและ ศาสนสถาน ทางพระพุทธศาสนา ให้รักษาไว้ซึ่งคุณค่าทางศิลปกรรมและสถาปัตยกรรมทางศาสนา

                  4) ดําเนินการสํารวจรังวัดที่ดิน การขอออกหนังสือสําคัญที่ดิน และการตรวจสอบค้นคว้า หลักฐานที่ดินของวัด วัดร้าง และศาสนสมบัติกลาง

                  5) ดําเนินการสงเคราะห์วัดที่ประสบวินาศภัย การยกเว้นภาษีอากรเพื่อการบูรณปฏิสังขรณ์ วัดที่ยกฐานะ และส่งเสริมฐานะเป็นวัดที่มีพระภิกษุอยู่จําพรรษา

                  โดยที่ สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ได้มี คำสั่ง ที่ 752/2558 ลงวันที่ 11 กันยายน 2558 เรื่อง การแบ่งงานและการกำหนดหน้าที่ความรับผิดชอบในสำนัก/สำนักงาน/กอง/สำนักงานพระพุทธศาสนาจังหวัด และหน่วยงานขึ้นตรงกับหัวหน้าส่วนราชการ ในสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ส่งผลให้กองพุทธศาสนสถาน มีหน่วยงานภายในสังกัด ประกอบด้วย 1) กลุ่มศาสนสถานและควบคุมทะเบียนวัด 2) กลุ่มบูรณะพัฒนาวัดและศาสนสงเคราะห์ 3) ฝ่ายออกแบบและก่อสร้าง 4) ฝ่ายสำรวจและรังวัดที่ดิน และ 5) ฝ่ายบริหารทั่วไป

                  ปัจจุบัน กฎหมายหลักที่หน่วยงานใช้ในการดำเนินงานเกี่ยวกับวัดวาอาราม คือ พระราชบัญญัติ คณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 แก้ไขเพิ่มเติม (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2535 และกฏกระทรวง การสร้าง การตั้ง การรวม การย้าย และการยุบเลิกวัด การขอรับพระราชทานวิสุงคามสีมา การยกวัดร้างขึ้นเป็นวัดมีพระภิกษุอยู่จำพรรษา พ.ศ. 2559 รวมถึงกฎกระทรวงศึกษาธิการ ฉบับที่ 3 และ ฉบับที่ 5 ที่ได้ออกตามพระราชบัญญัติ คณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 นอกจากนี้ยังมีระเบียบหน่วยงาน และกฎหมายอื่นๆ ที่ออกโดยมหาเถรสมาคม อีกด้วย